Az 1998-as választások után került Szabó Ferenc a Hungaropharmához. Gansperger Gyula, az Állami Privatizációs és Vagyonkezelő Rt. akkori elnök-vezérigazgatója nevezte ki, s azt kérte tőle, hogy készítse elő a cég privatizációját. A gyógyszeripari tapasztalatokkal rendelkező fiatal közgazdász az első pillanattól kezdve piaci alapokon gondolkodott a vállalat menedzseléséről, s ez sok szempontból különbözött elődjének, László Andrásnak a szemléletétől. Habár lehetett tudni, hogy a gyógyszer-nagykereskedés privatizációjáról már korábban döntött a kormány, de Horn Gyula miniszterelnök nem akart belekezdeni ilyen nagy átalakításba egy évvel a választások előtt. Tudni lehetett, hogy a piaci szereplők, a döntéshozók egy ideje várták már a változást, látható volt, ha még néhány évig halogatják ezt a lépést, akkor szétesik a hajdan monopol helyzetben lévő Hungaropharma, pontosan úgy, ahogyan ez megtörtént több, nagy múltú cég esetében.

A vételár természetesen fontos volt az ÁPV Rt-nek, de nem volt elsődleges. Sokkal fontosabb szempont volt, hogy a privatizáció után a hazai egészségügyi rendszerbe jól beágyazódjon a régi-új Hungaropharma. „Sokan kopogtak be hozzám, akiket érdekelt a Hungaropharma, voltak közöttük multinacionális és hazai cégek képviselői – emlékszik Szabó Ferenc, a vállalat egykori vezérigazgatója - , nagy kihívás volt, hogy merre induljunk. Semmiképpen nem akartam belevágni egy bizonytalan kimenetelű kezdeményezésbe, hiszen ott volt negatív példaként előttünk a Pest megyei Pharmafontana, amely teljesen tönkre ment. A gyógyszernagykereskedés roppant érzékeny vállalkozás, könnyen csődbe megy, ha nincs elegendő mennyiségű forgalom és nincs szigorú gazdálkodás, megfelelő logisztika és jövőbelátó stratégia.”

A menedzsment tőkeerős, stabil háttérrel rendelkező tulajdonosi hátteret keresett, és ebben a helyzetben - kizárásos alapon - maradtak potenciális tulajdonosként a nagy magyar gyógyszergyártók: az Egis, a Richter és a Béres. „Felkerestem az Egis akkori igazgatóját, Orbán Istvánt. Tiszteletreméltó, végtelenül szerény, nagy formátumú egyéniség volt, halála az egész szektor számára nagy veszteséget jelentett. Majd folytatódtak a megbeszélések Bogsch Erikkel, a Richter vezérigazgatójával, a Béres vezetőivel, s  vázoltam az elképzeléseinket. Megértették, hogy mi a cél. A vételár nem volt számukra teljesíthetetlen akadály, így igent mondtak.”

A három nagy tulajdonos mellett kaptak részvényeket a gyógyszerészek is. Kevés patikust érdekelt akkoriban a nagyker, viszont aki beszállt, az jól járt az éves osztalékokkal.  Szabó Ferenc úgy látta, hogy alapvetően más-más szemléletet képviseltek a patikusok, és megint mást a többségi tulajdonosok. Míg az előbbiek a patikai engedményekben, az utóbbiak az osztalék mennyiségében érdekeltek, s ez időnként konfliktusokat szült.   A Hungaropharma privatizációja után kezdett tisztulni a kép, a PHOENIX Pharmával együtt a piac 80%-át birtokolta a két vállalat, s bár nem szűnt meg az árverseny, de mérséklődött. „A nagykereskedelem szűk szektor, de középen van, ismeri a gyártókat és a patikusokat egyaránt, ezért bármelyik oldalról is nézzük, mindig fókuszban van. Kellő alázattal, tisztelettel álltunk minden feladathoz, de ha kellett, hoztunk kellemetlen döntéseket is a cégen belül, sosem egyszerű, amikor meg kell válni néhány munkatárstól. Tettük a dolgunkat a menedzsment tagjaival, s elnyertük a tulajdonosok bizalmát, szépen jöttek az eredmények. Büszkén tekintek vissza ezekre az évekre -  emlékszik kicsivel több mint egy évtized távlatából az egykori vezérigazgató - , igen sikeres időszak volt ez mindannyiunk számára egészen 2007-ig, a liberalizáció elindulásáig.  Ez negatív folyamatokat indított be a szektorban, ami a világgazdasági válsággal tetézve nehéz éveket eredményezett 2008 után. Tény, hogy az utolsó három évet lehetett volna jobban, sokkal körültekintőbben csinálni.”